Le impostazioni si suddividono in due categorie: globali e relative al file dati; le prime sono valide per tutti i file dati mentre le seconde saranno salvate in coda al file dati stesso.
E' consigliabile configurare le impostazioni del file dati prima di creare un nuovo archivio.

Impostazioni Globali: vedi Impostazioni Globali.

SubDirs = Files: se questa opzione è attiva McFiler leggerà dal disco anche il nome delle sottodirectory (saranno in colore bianco) considerandole come se fossero file (con possibilità di rinominarle, cancellarle, ecc.). Disattivando questa opzione, McFiler vi chiederà anche se desiderate cancellare dalla lista corrente tutte le directory.

Commento sul file: i commenti ai file inseriti tramite McFiler saranno salvati anche sul file stesso (consigliato).

Nascondi "NO COMMENT": se questa opzione è attiva, durante la visualizzazione dei commenti non saranno mostrati quei file che ne sono privi (altrimenti mostrerebbe la stringa NO COMMENT).

Commento da "Short:": questa opzione è pensata per gli archivi (CD-ROM) Aminet che normalmente sono accompagnati da un file ".readme" contenente una breve descrizione dell'archivio. Se abilitata, per ogni file letto da directory o disco, McFiler tenterà di accedere al relativo file ".readme" (è anche possibile cambiare questa estensione) e leggere il contenuto del campo "Short:" che sarà poi usato come commento del file.
Attenzione: questa funzione rallenta notevolmente la lettura delle directory se vi sono molti (migliaia) file.

Controllo file doppi: tramite questo menù si configura il funzionamento del Controllo file doppi:
Automatico - la ricerca dei file doppi avviene automaticamente dopo ogni lettura di disco o directory;
Manuale - il controllo può essere avviato solo manualmente tramite menù;
Normale - verifica se in memoria vi sono file con nomi uguali;
Avanzato - controlla se in memoria vi sono file con nomi uguali o simili. Due file si intendono "simili" quando iniziano con la stessa stringa alfabetica:
"McFiler30.lha" = "McFiler41.lha" poichè entrambi iniziano con la stringa "McFiler".

Cambia pattern matching: qui è possibile specificare quali file devono essere letti o ignorati durante la lettura di una directory; naturalmente possono essere usate le wild-cards di AmigaDOS, così ad es. inserendo "~(#?.info)" saranno letti tutti i file eccetto le icone.

Selezione device: apre un Requester dove potrete specificare da quale device o assign intendete leggere i file. Nel caso dei device viene letto il nome del disco inserito e associato ai file in esso contenuti, mentre per gli assign è mantenuto il nome dello stesso (e non la directory corrispondente).

Selezione directory: apre un Requester dove potete specificare da quale directory intendete leggere i file.